La búsqueda de los 43 normalistas de Ayotzinapa se ha enfocado recientemente en la ubicación y estudio de fosas clandestinas, con tecnología de punta para detectar alteraciones de tierra en la zona de Iguala, Guerrero, y alrededores. Hasta ahora los peritos responsables de la indagatoria han ubicado al menos 119 lugares de posibles inhumaciones de ese tipo, tan sólo en los polígonos denominados Carnicería y Centro Eco Turístico La Parota, y continúa la revisión de otras regiones para este mismo fin, se indica en el más reciente informe del gobierno mexicano a la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), con fecha del 9 de noviembre, justo en la visita a nuestro país del relator para México, así como del presidente y secretario de ese organismo continental. La indagatoria muestra el énfasis que se ha dado a las fosas clandestinas, pero también al rastreo de llamadas telefónicas; desde la desaparición de los jóvenes (26 de septiembre de 2014) a la fecha, se han intervenido, con orden judicial, las llamadas de 132 números, incluidos dos propiedad de miembros de la organización delictiva Guerreros Unidos y 12 de integrantes de la policía de Iguala.

El gobierno mexicano ratifica la voluntad de esclarecer el caso; sin embargo, el reporte confirma que hay pocas conclusiones. Si bien hay 29 causas penales del caso, falta cumplimentar ocho órdenes de aprehensión, y no se ha llegado a 100 por ciento de las recomendaciones de los especialistas de la CIDH. Sólo se ha confirmado, con certeza de 99 por ciento, el hallazgo de restos de Alexander Mora y, con una precisión de 72 por ciento, de Jhosivani Guerrero; en ambos casos se contó con el apoyo forense de instituciones extranjeras. El informe es cronológico y está dividido en 355 acciones o pasos relacionados con el caso Ayotzinapa. La averiguación previa se encuentra plenamente abierta para atender toda línea de investigación y no está fragmentada  el Estado mexicano deja de manifiesto su compromiso frente a un caso tan grave como el acontecido, se indica en el punto 295 del informe. Precisa que 168 personas han sido consignadas; 126 personas detenidas (54 policías municipales de Iguala y 19 de Cocula y 53 integrantes de Guerreros Unidos); se registraron 922 declaraciones ministeriales y mil 700 intervenciones policiacas.

También se indaga a uniformados de Huitzuco y Pilcaya, con independencia de la indagación a la Policía Federal y de cualquier otro cuerpo de seguridad. Igualmente se intervinieron 98 equipos de comunicación; hay 135 muestras de ADN de los familiares de los 43, y se reportan 851 acciones de búsqueda, así como el mecanismo de alta tecnología para hacer barrido fotogramétrico y topográfico, en la búsqueda de fosas clandestinas en cinco regiones de Iguala y Cocula. Hay datos de información satelital de recorrido de vehículos y los movimientos de 132 números telefónicos, entre estos dos pertenecientes a miembros de Guerreros Unidos. El informe a la CIDH detalla disposición ante la labor del GIEI, el cual trabajó en el caso desde marzo de 2015 hasta abril de 2016, cuyos informes son la base del seguimiento a las medidas cautelares dictadas por la CIDH: determinar el paradero de los 43; proteger a los estudiantes heridos (Aldo, Édgar Andrés, Jonathan, Édgar); atender a los deudos de Julio César Mondragón (también motivo de una investigación por tortura), así como de Daniel Solís.

En un comunicado del gobierno federal emitido en la semana que concluye se afirma que se ha cumplido con 93 por ciento de las recomendaciones del GIEI; el informe en mención sólo indica que de 941 peticiones del GIEI, 66 están pendientes o en vías de cumplir, pero no se detalla cuáles faltan. Poco se habla de uno de los puntos relacionados con los militares; sólo se refiere que el 26 de agosto de 2015 se recabó la declaración de 11 elementos del Ejército. Igualmente hay información escueta acerca del incendio en el basurero de Cocula donde fueron quemadas al menos 17 personas, según uno de los miembros del panel de expertos en dinámica de fuego, del estudio acordado por la PGR y el GIEI. Los hechos del 26 y 27 de septiembre de 2014 ocurrieron en un contexto de inseguridad y delincuencia organizada atribuible presuntamente al grupo delictivo Guerreros Unidos, señala el informe.